Механізми естрогенноподібних ефектів глікозидів Cistanche Deserticola: розуміння мережевої фармакології та транскриптоміки

3. Експериментальні результати

3.1 Результати мережевого фармакологічного аналізу

3.1.1 Мережевий аналіз естрогенних ефектів активних компонентів GCS

Всього 40 сполук у GCS (табл. 1) були проаналізовані за допомогоюTCMSP, Симпа, Тощо, ШовіQSARбази даних. Після видалення дублікатів було зібрано 183 цілі. ВідГенетикиіОмімБази даних, "дефіцит естрогену" або "низький рівень естрогену", використовувались як ключові слова для отримання цілей, пов'язаних з захворюванням. Поєднання цілей з обох джерел та видалення дублікатів призвело до 1712 цілей захворювання.

ВикористанняCytoscape v3.9.1, «Мережа сполуки - цілі» (КТ) була візуалізована (рис. 1). Мережа включала 223 вузли: 40 вузлів, що представляють активні компоненти GCS, та 183 вузлів, що представляють цілі, підключені 253 реберами. Використовуючи онлайн-платформу діаграми VENN, перетин 40-цільових генів, що стосуються 40 GCS та естрогенних генів-мішеней, дало 72 цільові гени, що нагадують GCS-естроген (рис. 2).

 

Добавки Cistanche для чоловічої сексуальної дисфункції

WhatsApp нам для отримання детальної інформації

 

 

 

 

 

 

 

3.1.2 Скринінг основних цілей та аналізу мережі PPI

Були проаналізовані топологічні параметри мережі (ступінь, між центральністю та центральністю близькості). Середні значення цих параметрів використовувались як пороги. Цілі, що відповідають усім трьом пороговим критеріям, були обрані як основні цілі для естрогенних ефектів GCS. Всього було виявлено 24 основні цілі. ВикористанняCytoscape v3.9.1, була візуалізована "сполука - основна ціль - естроген, схожа на" (мал. 3). Крім того, була побудована мережа ІПС основних цілей (мал. 4).

 

3.1.3 Перейдіть до функціонального та аналізу збагачення шляхів KEGG

З функціонального аналізу GO було виявлено 35 значущих записів. На основі виправлених p-значень було обрано 20 кращих шляхів (мал. 6). Вони в першу чергу включали молекулярні функції, такі як зв'язування рецепторів цитокінів, зв'язування рецепторів естрогену, зв'язування рецепторів фактора росту та активність ядерних рецепторів.

Аналіз збагачення шляхів KEGG визначив 83 значущих сигнальних шляхів. Візуалізувались 20 кращих шляхів, що займають виправлені значення P (мал. 7). Ключові шляхи, пов'язані з естрогеном, включали:

Сигнальний шлях фактора некрозу пухлини (TNF)

Інтерлейкін -17 (il -17) Шлях сигналізації

Індукований гіпоксією фактор -1 (Hif -1) Шлях сигналізації

Естрогенний сигнальний шлях

Ці шляхи відіграють критичні ролі в естрогенних ефектах GCS.

3.2 Інтеграція з транскриптомічними даними

3.2.1 Аналіз кореляції між передбачуваними цілями та транскриптомічними даними

За допомогоюHGNCБаза даних 24 основних генів -мішеней, передбачених мережевою фармакологією, були перетворені в гомологічні гени щурів, в результаті чого 31 гени. Після видалення дублікатів залишилося 29 генів. Порівнюючи з транскриптомічними даними, усі 29 основних цілей (крімMCL1іGCG) показали зміни експресії генів. Результати показані в таблиці 2.

3.2.2 Кореляційний аналіз між шляхами KEGG від мережевої фармакології та транскриптоміки

Після перетворення основних генів -мішеней в гомологічні гени щурів було проведено аналіз збагачення шляхів Кегг. Всього для основних генів основних цілей були ідентифіковані 1 0 8 шляхів (з padjust <0. 05). Аналіз збагачення KEGG для транскриптомічних даних про секвенування ідентифікував 107 шляхів (з Padjust <0,05). Результати кореляційного аналізу між мережевою фармакологією та транскриптомікою показані на малюнку 8.

Було 68 шляхів, що перекриваються, в тому числі:

Естрогенний сигнальний шлях

Сигналізація табору

TNF -сигнальний шлях

Шляхи, що перекриваються, становили понад 60% від загальних шляхів.