Рання оцінка клінічної тяжкості варіанту SARS-CoV-2 Omicron у Південній Африці: дослідження зв’язку даних

joanna.jia@wecistanche.com/ WhatsApp: 008618081934791

Резюме

Фон

Варіант омікрон SARS-CoV-2, який викликає занепокоєння, був ідентифікований у Південній Африці в листопаді 2021 року, і це було пов’язано зі збільшеннямCOVID-19випадків. Ми мали на меті оцінити клінічну тяжкість інфекцій, викликаних варіантом омікрон, використовуючи цільовий збій гена S (SGTF) на ПЛР-тесті Thermo Fisher Scientific TaqPath COVID-19 як проксі.

методи

Ми зв’язали дані для національних, південноафриканськихCOVID-19дані про випадки захворювання, дані лабораторних тестів SARS-CoV-2, дані геному SARS-CoV-2 таCOVID-19дані госпіталізації. Для осіб з діагнозомCOVID-19за допомогою ПЛР-тестів TaqPath інфекції були визначені як SGTF або не-SGTF. Дельта-варіант був ідентифікований шляхом секвенування геному. Використовуючи моделі багатофакторної логістичної регресії, ми оцінили тяжкість захворювання та кількість госпіталізацій, порівнюючи осіб із SGTF та не-SGTF інфекціями, діагностованими між 1 жовтня та 30 листопада 2021 року, а також ми додатково оцінили тяжкість захворювання, порівнюючи осіб, інфікованих SGTF, у яких діагностовано між 1 жовтня та листопада. 30, 2021, з інфікованими дельта-варіантом особами, діагностованими між 1 квітня та 9 листопада 2021.

Висновки

З 1 жовтня (39 тиждень) 2021 р. до 6 грудня (49 тиждень) 2021 р. 161 328 випадківCOVID-19були зареєстровані в Південній Африці. {{0}} людей було діагностовано за допомогою ПЛР-тестів TaqPath і виявлено 29 721 інфекцій SGTF і 1412 інфекцій не SGTF. Частка інфекцій SGTF зросла з двох (3,2 відсотка) із 63 на 39-му тижні до 21 978 (97,9 відсотків) із 22 455 на 48-му тижні. Після контролю факторів, пов’язаних із госпіталізацією, особи з інфекціями SGTF були значно нижчі шанси на госпіталізацію, ніж у пацієнтів з інфекціями, не пов’язаними з SGTF (256 [2,4 відсотка ] з 10 547 проти 121 [12,8 відсотка] з 948; скоригований коефіцієнт шансів [aOR] {{ 25}}·2, 95% ДІ 0·1–0·3). Після контролю факторів, пов’язаних із тяжкістю захворювання, ймовірність тяжкого захворювання була подібною між госпіталізованими особами з інфекціями SGTF та не-SGTF (42 [21 відсоток] з 204 проти 45 [40 відсотків) ] із 113; aOR 0·7, 95% ДІ 0·3–1·4). Порівняно з особами з ранніми інфекціями дельта-варіанту, особи, інфіковані SGTF, мали значно нижчу ймовірність тяжкого захворювання (496 [62,5 відсотка] із 793 проти 57 [23,4 відсотка] із 244; aOR 0,3, 95-відсотковий ДІ 0,2–0,5), після контролю факторів, пов’язаних із тяжкістю захворювання.

Інтерпретація

Наш ранній аналіз показує, що ймовірність госпіталізації серед осіб із SGTF порівняно з не-SGTF інфекціями, діагностованими протягом того самого періоду часу, значно зменшилася. Люди, інфіковані SGTF, мали значно менші шанси на важке захворювання порівняно з особами, інфікованими раніше дельта-варіантом. Частково ця знижена тяжкість, ймовірно, є результатом попереднього імунітету.

Фінансування

Рада медичних досліджень Південної Африки, Національний департамент охорони здоров’я Південної Африки, Центри контролю та профілактики захворювань США, Африканське товариство лабораторної медицини, Африканські центри контролю та профілактики захворювань, Фонд Білла та Мелінди Гейтс, Wellcome Trust та Фонд Флемінга.

cistanche pharma special для імунітету

вступ

З часу першого випадку SARS-CoV-2 у березні 2020 року в Південній Африці пройшло три хвилі епідемії, у другій і третій домінували бета (B.1.351) і дельта (B.1.617.2) варіанти. хвиль відповідно. 24 листопада 2021 року Мережа нагляду за геномікою в Південній Африці (NGS-SA) повідомила про новий варіант SARS-CoV-2, який було виявлено у зразках, зібраних 14 листопада 2021 року в Південній Африці1 та спочатку присвоєно лінії B.1.1.529 ВООЗ.2 26 листопада 2021 року за рекомендацією Технічної консультативної групи з еволюції вірусу SARS-CoV-2 ВООЗ позначила B.1.1.529 як омікрон ,3 п'ятий варіант занепокоєння. Одночасно спостерігалося швидке зростанняCOVID-19випадків у провінції Гаутенг, 2 Південна Африка, з тижня, починаючи з 15 листопада 2021 р., причому лабораторії тестування на SARS-CoV-2 повідомили про збільшення кількості зразків із невдачею цільового гена S (SGTF) під час тестування на TaqPathCOVID-19ПЛР-тест (Thermo Fisher Scientific; Waltham, MA, США). Згодом в інших провінціях Південної Африки спостерігалося збільшення випадків COVID-19 і зразків із SGTF, що прискорило четверту хвилю зараження SARS-CoV-2. Станом на 16 грудня 2021 року омікрон був виявлений у 87 країнах, багато країн повідомили про передачу інфекції серед населення.

Варіант омікрон, який викликає занепокоєння, має велику кількість мутацій, деякі з яких викликають занепокоєння через прогнозоване ухилення імунітету та підвищену інфекційність. Хоча варіант омікрон має кілька спільних мутацій із C.1.2 (сильно мутована лінія, раніше виявлена ​​в Південній Африці), бета- та дельта-варіантами, він також має 22 додаткові заміни (включаючи вставки та видалення), яких немає в інших варіант, що викликає занепокоєння, або варіант, який цікавить на сьогоднішній день. Серед цих замін His69_Val70del у спайковому білку, який раніше спостерігався в альфа-варіанті (B.1.1.7), як відомо, викликає SGTF на TaqPathCOVID-19ПЛР тест.

Дані щодо клінічної тяжкості варіанту омікрон порівняно з попередніми варіантами SARS-CoV-2 необхідні для того, щоб керувати плануванням громадської охорони здоров’я та реагуванням. DATCOV-Gen5 — це перспективна мережа епіднагляду, яка пов’язує дані генома SARS-CoV-2 у режимі реального часу з детальними епідеміологічними та клінічними даними про госпіталізовані випадки, щоб забезпечити швидку оцінку тяжкості та клінічних проявів SARS-CoV{{8 }} варіантів занепокоєння. Ми мали на меті оцінити тяжкість зараження SARS-CoV-2 варіантом омікрон у Південній Африці, використовуючи SGTF як проксі для варіанту омікрон.6

переваги сальси цистанчев імунітеті

методи

Джерела даних і зв'язок

У цьому дослідженні зв’язків даних ми зв’язали національні та південноафриканські дані на індивідуальному рівні з чотирьох джерел: (1) національні дані про випадки COVID-19 за період з 1 січня по 6 грудня 2021 року, які надсилалися в режимі реального часу Національний інститут інфекційних захворювань (NICD) Система нагляду за медичними захворюваннями, що підлягають повідомленню (NMCSS); (2) Дані лабораторних тестів на SARS-CoV-2 (використаний тест і порогові значення циклу ПЛР) за період з 1 жовтня по 6 грудня 2021 року для лабораторій державного сектора (Національна лабораторна служба охорони здоров’я повідомила всі дані тестів) та одна велика приватна лабораторія (лише заявлені ПЛР-тести TaqPath); (3) Дані генома SARS-CoV-2 за період з 31 березня 2020 р. по 6 грудня 2021 р. для клінічних зразків, надісланих до NICD з приватних і державних діагностичних лабораторій (переважно з Гаутенга, Північно-Західного регіону, Мпумаланги, і Північна Капська провінція) і зібрані в рамках програми епіднагляду за пневмонією7 у п’яти провінціях (Західна Капська провінція, Квазулу-Натал, Північно-Західна, Гаутенг і Мпумаланга); і (4) DATCOV (з 31 березня 2020 р. по 21 грудня 2021 р.), яка є системою активного нагляду за госпіталізацією хворих на COVID-19 із повним охопленням усіх лікарень у Південній Африці.8

Дані про випадки та госпіталізацію, які ми використовували, взяті з вищезазначених національних всеосяжних наборів даних на основі населення, включаючи всю Південну Африку. Національна база даних випадків COVID{1}} (NICD NMCSS) — це лабораторна програма спостереження, яка отримує електронні дані в реальному часі про всі лабораторно підтверджені випадки SARS-CoV-2 у Південній Африці. Звітність про випадки вимагається законом і перевіряється. Кожен випадок розслідується працівниками охорони здоров’я, а виявлені помилки виправляються в базі даних. Дані лабораторних досліджень SARS-CoV-2, які використовуються в цьому аналізі, є національними даними. Включені лабораторії (усі лабораторії державного сектору та одна лабораторія приватного сектору) були вибрані, оскільки ці лабораторії змогли надати дані про метод ПЛР-тесту та порогові значення циклу та представляли більше половини всіх випадків SARS-CoV-2 тести, проведені в Південній Африці з 1 жовтня по 6 грудня 2021 року. Програму епіднагляду DATCOV було детально описано раніше.8 Використовуючи DATCOV, ми включили дані про всіх госпіталізованих пацієнтів із лабораторно підтвердженим SARS-CoV-2 Південна Африка. У лікарнях державного сектору дані вилучаються з карток пацієнтів і безпосередньо збираються спеціальними пристроями збору даних, а в приватних лікарнях і державному секторі провінції Західний Кейп дані передаються в електронному вигляді у щоденних групових витягах із систем даних лікарень. DATCOV включає пацієнтів, які були госпіталізовані з симптомами COVID-19, пацієнтів із госпіталізованою інфекцією SARS-CoV-2, а також тих, у кого випадково був позитивний тест під час госпіталізації з інших причин. Дані про випадок і тестування були отримані 6 грудня 2021 р., а дані DATCOV – 21 грудня 2021 р. Для госпіталізації та аналізу тяжкості випадки цензурувалися для тих, у яких зразок був зібраний до 1 грудня 2021 р.

Ми здійснили зв’язування даних на індивідуальному рівні, використовуючи унікальні ідентифікатори, якщо вони існували; в іншому випадку ми використовували комбінацію імені, прізвища (прізвища) та дати народження. Після пов’язування даних для забезпечення точності було використано комбінацію автоматизованих і ручних перевірок. Отримано етичне схвалення від Комітету з етики людських досліджень (Медицина) Університету Вітватерсранда для збору даних про випадки COVID-19 і тестів у рамках епіднагляду за основними інфекційними захворюваннями (M210752), а також для програми епіднагляду DATCOV (M2010108).

визначення

Інфекції класифікувалися як SGTF (як проксі для варіанту омікрон), коли особа виявляла позитивний результат ПЛР-тесту TaqPath COVID-19 з цільовим геном S, який не виявлявся, і пороговим значенням циклу 30 або менше для ORF1ab або мішені гена нуклеокапсиду.9 Ми обмежилися порогом циклу 30 або менше, щоб уникнути неправильної класифікації інфекцій, для яких ген S не був виявлений (через низьке вірусне навантаження), як SGTF (тобто високі порогові значення циклу). Інфекції класифікувалися як не SGTF, коли особа мала позитивний результат ПЛР-тесту TaqPath COVID-19 із пороговим значенням циклу 30 або менше для мішеней гена ORF1ab або нуклеокапсиду та мала мішень гена S, яку можна виявити. Дельта-варіант був ідентифікований шляхом секвенування геному.

Особу класифікували як таку, що була госпіталізована, якщо вона пов’язувалася з випадком у базі даних DATCOV із датою надходження від 7 днів до дати забору зразка до 21 дня після неї. Ми включили госпіталізацію з датою тестування перед госпіталізацією, оскільки клініцисти можуть не підозрювати інфекцію SARS-CoV-2 на момент госпіталізації, початкові тести можуть бути негативними або інфекція може бути нозокоміальною. Важке захворювання визначалося як госпіталізований пацієнт, який відповідає принаймні одному з наступних критеріїв: госпіталізований у відділення інтенсивної терапії (ВІТ); отримували будь-який рівень лікування киснем; провітрювався; отримали екстракорпоральну мембранну оксигенацію; мали гострий респіраторний дистрес-синдром або померли. Супутня патологія визначалася як наявність принаймні одного з наступних станів: гіпертонія, діабет, хронічна хвороба серця, хронічна хвороба нирок, астма, хронічна обструктивна хвороба легень, злоякісна пухлина, ВІЛ та активний або попередній туберкульоз. Дані про ожиріння та вагітність не були включені, оскільки ці дані не збиралися систематично. Повторне зараження було визначено особою, яка мала принаймні один позитивний тест на COVID-19 (на основі ПЛР або на основі антигену) більше ніж за 90 днів до поточного позитивного тесту на COVID-19. Вакцинація визначалася як введення принаймні однієї дози вакцини проти SARS-CoV-2 (Ad.26.COV2.S [Johnson & Johnson] або BNT162b2 [Pfizer-BioNTech]).

Статистичний аналіз

Середнє порогове значення циклу (приблизний показник вірусного навантаження) для всіх позитивних ПЛР-тестів на COVID-19 у державному секторі (будь-який ПЛР-тест) під час ранньої хвилі омікрону (тижні 46–48; 14 листопада – 4 грудня 2021 р.) порівнювали з ранньою хвилею дельта (тижні 18–20; 2–22 травня 2021 р.) за допомогою t-критерію Стьюдента. Періоди ранньої хвилі були визначені від тижня до того, як країна перетнула щотижневу захворюваність у 30 випадків на 100 000 людей, до 2 тижнів пізніше.10 Коли ПЛР-тест включав один або більше генів-мішеней, ціль із найнижчим пороговим значенням циклу використовувалася для аналіз.

Ми описали епідеміологічні характеристики інфекцій SGTF шляхом порівняння осіб, інфікованих SGTF, з особами, не інфікованими SGTF, у яких діагностовано між 1 жовтня та 30 листопада 2021 року, госпіталізованих осіб, інфікованих SGTF, із госпіталізованими особами, не інфікованими SGTF, у яких діагностовано між 1 жовтня та листопада. 30, 2021, і госпіталізованих осіб, інфікованих SGTF, з діагнозом між 1 жовтня та 30 листопада 2021, з госпіталізованими особами, інфікованими дельта-варіантом, з діагнозом між 1 квітня та 9 листопада 2021 за допомогою багатофакторного логістичного регресійного аналізу.

Серйозність інфекцій із варіантом омікрон SARS-CoV-2 оцінювали двома способами: (1) шляхом порівняння осіб із SGTF та не-SGTF-інфекціями, діагностованими між 1 жовтня та 30 листопада 2021 року, та (2) шляхом порівняння осіб з дельта-варіантом інфекції, діагностованим у період з 1 квітня по 9 листопада 2021 року, з особами, інфікованими SGTF, у яких був діагностований між 1 жовтня та 30 листопада 2021 року. Дані про госпіталізацію та тяжкість були отримані для випадків 21 грудня 2021 року, щоб урахувати щонайменше 3 тижні спостереження для госпіталізації та результатів у лікарні. Серед людей із COVID-19 у базі даних DATCOV, госпіталізованих між 5 березня 2020 року та 18 грудня 2021 року, середній час від госпіталізації до госпіталізованого результату становив 6 днів (IQR 3–11 днів; n{{ 29}}) загалом 5 днів (2–11; n=94938) для осіб, які померли, і 6 днів (3–10; n=304845) для осіб, які були звільнені живими. Таким чином, ми навряд чи втратили багато результатів при мінімальному спостереженні протягом 3 тижнів. Аналіз тяжкості був обмежений госпіталізацією, яка вже мала результати, і всі пацієнти, які все ще перебували в лікарні, були виключені, оскільки в програмі DATCOV детальна інформація про госпіталізацію в державних лікарнях (наприклад, лікування киснем або госпіталізація у відділення інтенсивної терапії) заповнюється під час виписки. або смерть.

Було створено дві моделі для оцінки госпіталізації та тяжкого захворювання серед госпіталізованих осіб як змінних результату. Було проведено багатофакторну логістичну регресію, щоб оцінити зв’язок інфекції SGTF із інфекцією не SGTF із госпіталізацією серед людей із COVID-19, діагностованим у період з 1 жовтня по 30 листопада 2021 року. Ми контролювали фактори, які, як відомо, пов’язані з госпіталізацією (тобто , вік, стать, провінція та сектор охорони здоров’я [приватний чи державний]) і з поправкою на відому попередню інфекцію SARS-CoV-2. Дані щодо статусу вакцинації та супутніх захворювань були доступні лише для госпіталізованих осіб; тому ми не могли контролювати ці змінні в цьому аналізі. Було проведено багатофакторну логістичну регресію, щоб оцінити зв’язок інфекції SGTF із інфекцією без SGTF із тяжкістю захворювання серед госпіталізованих осіб із діагнозом COVID-19 між 1 жовтня та 30 листопада 2021 року, обмежуючись особами з відомим госпіталізованим результатом 21 грудня 2021 року (за винятком тих, хто ще перебуває в лікарні). Ми контролювали фактори, які, як відомо, пов’язані з тяжкістю захворювання (наприклад, вік, наявність супутньої патології, стать, провінція та сектор охорони здоров’я) і враховували відому кількість днів між датою збору зразка та датою госпіталізації. попередня інфекція SARS-CoV-2 і статус вакцинації проти SARS-CoV-2.

Ми порівняли інфекції дельта-варіанту, діагностовані між 1 квітня та 9 листопада 2021 року, з інфекціями SGTF, діагностованими між 1 жовтня та 30 листопада 2021 року. Багатофакторну логістичну регресію було проведено, щоб оцінити зв’язок інфекцій SGTF та інфекцій дельта-варіанту з тяжкістю захворювання серед госпіталізованих осіб. , обмежуючись особами з відомим госпіталізованим результатом 21 грудня 2021 року (за винятком тих, хто все ще перебуває в лікарні). Ми контролювали фактори, пов’язані з тяжкістю захворювання (тобто вік, наявність супутніх захворювань, стать, провінція та сектор охорони здоров’я), і враховували кількість днів між збором зразків і госпіталізацією, відомою про попередні SARS-CoV-2 інфекція та статус вакцинації проти SARS-CoV-2. Ми не порівнювали ризик госпіталізації між особами з інфекціями дельта-варіанту та особами з інфекціями SGTF, оскільки секвеновані зразки для дельта-варіанту не були популяційними та являли собою лише невелику підмножину інфекцій дельта-варіанту, які були надіслані до NICD для секвенування. .

Категориальні змінні були узагальнені за допомогою частотних розподілів і порівняні за допомогою критерію χ² Пірсона. Попарні взаємодії оцінювали шляхом включення термінів продукту для всіх змінних, що залишилися в остаточних багатопараметричних адитивних моделях. Аналіз проводився за допомогою Stata версії 14.1. значення p менше 0·05 вважалися статистично значущими.

Роль джерела фінансування

Ті, хто фінансує дослідження, не брали участі в плануванні дослідження, зборі даних, аналізі даних, інтерпретації даних або написанні звіту.

Результати

З 1 жовтня (39 тиждень) 2021 року до 6 грудня (49 тиждень) 2021 року в країні було зареєстровано 161 328 випадків COVID-19, з яких 104 529 (64,8 відсотка ) були в лабораторіях, включених до нашого аналізу ( додаток стор 6–7). З них 104 529 38282 (36·6 відсотків) було діагностовано за допомогою ПЛР-тесту TaqPath COVID-19. Серед випадків, діагностованих за допомогою ПЛР-тестів TaqPath, 31 133 (81,3 відсотка) мали порогове значення циклу 30 або менше для принаймні одного цільового гена, з яких 29721 (95,5 відсотків) були інфекціями SGTF і 1412 (4,5 відсотків) були не-SGTF інфекції. Усі зразки SGTF із даними генома станом на 14 грудня 2021 року підтверджено як омікрон (n=30). Частка інфекцій SGTF зросла з двох (3,2 відсотка) з 63 на 39-му тижні до 21978 (97,9 відсотків) з 22455 на 48-му тижні 2021 року (рис. 1). Частка інфекцій SGTF почала зростати спочатку в провінції Гаутенг на 43-му тижні (тиждень, що починається 24 жовтня 2021 р.; додаток, стор. 8). Згодом різке збільшення частки інфекцій SGTF було виявлено в усіх інших провінціях, і до 47 тижня більшість інфекцій SARS-CoV-2 у всіх провінціях були інфекціями SGTF (додаток, стор. 8). Середнє порогове значення циклу для всіх позитивних ПЛР-тестів у державному секторі було нижчим під час ранньої хвилі омікрону (23·95 [SD 6·06]; n=16542), ніж під час ранньої хвилі зараження дельта-варіантом ( 26·98 [6·52]; п=10022; стор<>

Ми порівняли характеристики всіх осіб з інфекціями SGTF, діагностованими між 1 жовтня та 30 листопада 2021 року, з характеристиками осіб, у яких за той самий період діагностували інфекції, не пов’язані з SGTF. У багатофакторному аналізі, окрім того, що частки інфекцій SGTF порівняно з не-SGTF суттєво відрізнялися залежно від географічної провінції, особи з інфекціями SGTF частіше були у віці 5–59 років (порівняно з 60 роками або більше) та були діагностовані за приватному секторі (порівняно з державним сектором) і мали меншу ймовірність бути госпіталізованими, ніж особи з інфекціями, не пов’язаними з SGTF (таблиця 1). Подібні результати були отримані під час порівняння характеристик між госпіталізованими особами, інфікованими SGTF, і госпіталізованими особами, не інфікованими SGTF, у яких діагностовано між 1 жовтня та 30 листопада 2021 року (додаток, стор. 1–3), а також під час порівняння госпіталізованих осіб, інфікованих SGTF, у яких діагностовано між 1 жовтня та листопадом 30, 2021, з госпіталізованими особами, інфікованими дельта-варіантом, діагностованими між 1 квітня та 9 листопада 2021 (додаток, стор. 3–5).

З 10 547 осіб із інфекцією SGTF, діагностованою з 1 жовтня по 30 листопада 2021 року, 256 (2,4 відсотка) були госпіталізовані до лікарні порівняно зі 121 (12,8 відсотками) із 948 осіб із не-SGTF інфекції (стор<0·001; table="" 2).="" in="" multivariable="" analyses,="" after="" controlling="" for="" factors="" associated="" with="" hospitalization,="" individuals="" with="" sgtf="" infections="" had="" significantly="" lower="" odds="" of="" being="" admitted="" to="" hospital="" than="" did="" individuals="" with="" non-sgtf="" infections="" (adjusted="" odds="" ratio="" [aor]="" 0·2,="" 95%="" ci="" 0·1–0·3;="" table="" 2).="" in="" addition="" to="" variation="" by="" geographical="" province,="" hospital="" admission="" was="" significantly="" associated="" with="" young="" age=""><5 years;="" aor="" 9·3)="" and="" older="" age="" (≥60="" years;="" aor="" 3·1)="" compared="" with="" individuals="" aged="" 19–24="" years,="" and="" female="" sex="" (aor="" 1·3)="" versus="" male="" sex="" (table="" 2).="" individuals="" diagnosed="" by="" the="" private="" versus="" the="" public="" healthcare="" sector="" were="" less="" likely="" to="" be="" admitted="" to="" hospitals="" (aor="" 0·8;="" table="">

Серед 382 госпіталізованих осіб, у яких діагностовано COVID-19 у період з 1 жовтня по 30, 2021 листопада, 317 (83 відсотки) мали госпіталізований результат до 21 грудня 2021 року Після контролю за факторами, пов’язаними з тяжким захворюванням, точкова оцінка ймовірності важкого захворювання в осіб із SGTF порівняно з іншими інфекціями була меншою за 1, але 95-відсотковий ДІ був широким (aOR 0,7, 95-відсотковий ДІ 0). ·3–1·4; таблиця 3). Ймовірність тяжкого захворювання різнилася географічно та була значно вищою серед осіб віком 60 років і старше (aOR 11·5), ніж серед осіб віком 19–24 роки (таблиця 3).

З 31 березня 2020 року по 6 грудня 2021 року було госпіталізовано 1734 пацієнти з COVID-19, для яких була доступна інформація про варіанти за допомогою секвенування генома (без варіантів, альфа, бета або дельта) або за допомогою ПЛР TaqPath (SGTF як проксі для варіанту омікрон між 1 жовтня та 6 грудня 2021 року). З цих 1734 792 (45,7 відсотка) були інфіковані дельта-варіантом з 1 квітня 2021 року (13-й тиждень) до 9 листопада 2021 року (45-й тиждень), а 212 (12,2 відсотка) мали інфекції SGTF від 1 жовтня 2021 р. (тиждень 39) до 6 грудня 2021 р. (тиждень 49; рис. 2).

Серед 1142 госпіталізованих осіб 1037 (90·8 відсотків) мали госпіталізований результат до 21 грудня, 2021. Після контролю за факторами, пов’язаними з тяжким захворюванням, люди з інфекціями SGTF, діагностованими між 1 жовтня та 30 листопада 2021 року, мали значно нижчі шанси на важкі захворювання, ніж ті з дельта-варіантними інфекціями, діагностованими між 1 квітня та 9 листопада 2021 року (aOR 0,3, 95 відсотків ДІ 0,2–0,5; таблиця 4). На додаток до варіацій залежно від географічної провінції, старший вік (40–59 років і більше або дорівнює 60 рокам проти 19–24 років) і наявність супутнього захворювання асоціювалися з підвищеними шансами важкого захворювання (таблиця 4). Особи у віці 13–18 років (порівняно з 19–24 роками) і жінки (порівняно з чоловіками) мали нижчі шанси на важке захворювання (таблиця 4).

Обговорення

У листопаді 2021 року варіант омікрон SARS-CoV-2 з’явився в Південній Африці, одночасно зі швидким зростанням кількості зареєстрованих випадків COVID-192, що призвело до четвертої хвилі епідемії. Незважаючи на те, що проводяться численні дослідження для швидкої оцінки фенотипічної поведінки та втечі імунітету, також важливо розуміти клінічну тяжкість інфекцій, викликаних варіантом омікрон. Ми оцінили тяжкість інфекцій SGTF (проксі для варіанту омікрон), порівнявши їх з інфекціями, не пов’язаними з SGTF, діагностованими протягом того самого періоду, та з інфекціями дельта-варіанту, який домінував у третій хвилі в Південній Африці. Люди з SGTF порівняно з іншими SGTF-інфекціями мали на 80 відсотків нижчі шанси бути госпіталізованими, але ми не змогли зробити жодних твердих висновків щодо ризику важкого захворювання серед госпіталізованих людей, можливо, через малу кількість включених осіб у цьому аналізі. У порівнянні з інфекціями дельта-варіанту, інфекції SGTF були пов’язані з 70-відсотковим нижчим шансом важкого захворювання. Крім того, ми виявили, що середній поріг циклу ПЛР був нижчим під час ранньої хвилі омікрон, ніж під час ранньої хвилі дельта, що може відображати вищі вірусні навантаження в осіб, інфікованих варіантом омікрон, порівняно з дельта-варіантом.

Дані програми епіднагляду DATCOV показали більшу частку госпіталізацій серед людей молодше 20 років під час ранньої четвертої хвилі порівняно з третьою хвилею.11 У нашому дослідженні ми також виявили, що особи, інфіковані SGTF, були молодшими за тих, хто не мав SGTF або дельта-інфекції; цей ефект не обмежувався дітьми, оскільки також було більше інфекцій SGTF (порівняно з не-SGTF або дельта) у молодших вікових групах (наприклад, 19–24 роки), ніж у старшій віковій групі дорослих (більше або дорівнює 60 рокам ). Цей висновок може бути пов’язаний із підвищенням імунітету у літніх людей в результаті більшої кількості попередніх інфекцій12 або вакцинації.13

Наші висновки співвідносяться з даними про госпіталізацію, які показують, що серед 1061 пацієнта в Південній Африці з COVID-19 і відомим результатом госпіталізації 324 (30,5 відсотків) мали тяжке захворювання під час ранньої четвертої хвилі, у порівнянні з 943 (67,0 відсотками) із 1408 пацієнтів під час ранньої третьої хвилі.11 Станом на листопад 2021 року велика частка населення Південної Африки мала певний рівень імунітету до SARS-CoV-2 в результаті попереднього природного інфекції, вакцинації або обох. Після третьої хвилі SARS-CoV-2 60–70 відсотків людей у ​​Південній Африці мали ознаки попередньої інфекції SARS-CoV-2.14 До 9 грудня 2021 року 58 відсотків жителів Південної Африки у віці 60 років і старше, 55 відсотків у віці 50–59 років, 43 відсотки у віці 35–49 років і 24 відсотки у віці 18–34 років були повністю вакциновані проти SARS-CoV-2 (одна доза Ad.26. COV2). .S [Johnson & Johnson] або дві дози BNT162b2 [Pfizer–BioNTech]).13 Було припущено, що варіант «омікрон» має суттєво збільшені можливості імунного виходу порівняно з іншими варіантами.15 Цей висновок разом із високим рівнем пре -існуючий імунітет у Південній Африці на момент появи варіанту Омікрон означає, що велика частка заражень Омікрон, ймовірно, є повторними зараженнями, і ця частка може бути більшою для Омікрон, ніж для одночасних заражень іншими варіантами. У Південній Африці під час першої та другої хвилі COVID-19 було діагностовано менше ніж один з десяти випадків SARS-CoV-2.16 У нашому аналізі ми враховували осіб із діагностованими та раніше зареєстрованими інфекціями , але в багатьох випадках існує ймовірність того, що попередня інфекція могла бути недіагностованою. Якщо повторні інфекції є менш серйозними, ніж первинні інфекції, то цей факт може частково пояснити зниження тяжкості захворювання, що спостерігається в осіб, інфікованих варіантом омікрон.17 Також можливо, що варіант омікрон має знижену внутрішню вірулентність порівняно з іншими варіантами. 18,19 З наявними даними неможливо роз’єднати відносний внесок високих рівнів популяційного імунітету в порівнянні з нижчою внутрішньою вірулентністю в спостережувану нижчу тяжкість захворювання омікрон порівняно з дельта-варіантом. Неповні дані про вакцинацію та той факт, що багато попередніх інфекцій, ймовірно, не були виявлені, призвели до неповного коригування ефекту попереднього імунітету в наших аналізах.

cistanche propiedadesдляімунітет

Це дослідження має кілька обмежень. По-перше, інфекції SGTF можна було ідентифікувати лише тоді, коли ПЛР-тест TaqPath COVID-19 використовувався для зразків із високим вірусним навантаженням (порогове значення циклу менше або дорівнює 30); отже, кількість інфекцій SGTF недооцінена та зміщена до географічних регіонів, де частіше використовувався аналіз TaqPath. По-друге, SGTF використовувався як проксі для виявлення варіанту омікрон. SGTF може також ідентифікувати альфа-варіант і спорадично виникати в інших варіантах, тому деякі інфекції могли бути неправильно класифіковані як омікрон.

Однак ми використовували SGTF як проксі-сервер для omicron лише після 1 жовтня 2021 року, а дані про геном, отримані NGS-SA, не ідентифікували альфа-варіант у Південній Африці з серпня 2021 року, і на піку альфа-варіант був лише виявлено в 58 (6 відсотків) із 965 зразків у травні 2021 року.20 Омікрон було класифіковано на три підлінії, одна (BA.2) з яких не містить His69_ Val70del і, отже, не ідентифікується SGTF. Дані геному з листопада 2021 року в Південній Африці показали, що з 881 послідовності омікрон 872 (99 відсотків) були BA.1, одна (<1%) was="" ba.2,="" and="" eight="" (1%)="" were="" ba.3.20="" although="" genome="" data="" for="" non-sgtf="" infections="" were="" not="" available,="" of="" samples="" sequenced="" in="" south="" africa,="" 617="" (84·2%)="" of="" 733="" were="" delta="" and="" one="" (0·1%)="" of="" 733="" was="" omicron="" in="" october="" 2021,="" and="" 148="" (13·7%)="" of="" 1082="" were="" delta="" and="" 881="" (81·4%)="" of="" 1082="" were="" omicron="" in="" november="" 2021,="" suggesting="" that="" the="" majority="" of="" non-sgtf="" infections="" were="" delta.20="" third,="" our="" analysis="" was="" done="" during="" the="" early="" fourth="" wave,="" in="" which="" numbers="" of="" people="" with="" covid-19="" were="" small,="" patients="" with="" milder="" symptoms="" were="" more="" likely="" to="" be="" admitted="" to="" the="" hospital="" (compared="" with="" peak="" wave="" periods),="" and="" there="" could="" have="" been="" a="" lag="" in="" hospitalizations="" and="" severe="" disease="" outcomes="" caused="" by="" the="" omicron="" variant.="" we="" accounted="" for="" this="" limitation="" by="" only="" including="" hospitalized="" patients="" with="" known="" outcomes,="" censoring="" cases="" to="" ensure="" at="" least="" 3="" weeks="" of="" follow-up,="" and="" adjusting="" for="" the="" time="" interval="" between="" diagnosis="" and="" hospitalization="" in="" the="" severity="" models.="" the="" inclusion="" of="" individuals="" only="" with="" accumulated="" in-hospital="" outcomes="" could="" have="" biased="" individuals="" with="" sgtf="" infections="" towards="" shorter="" hospital="" stays;="" hence,="" this="" result="" should="" be="" interpreted="" with="" caution.="" fourth,="" we="" compared="" individuals="" with="" covid-19="" during="" the="" full="" delta="" wave="" to="" those="" with="" covid-19="" during="" the="" ascending="" phase="" of="" the="" omicron="" wave,="" which="" could="" have="" biased="" comparisons="" if="" case="" characteristics="" differ="" between="" ascending="" and="" descending="" wave="" phases="" or="" if="" the="" threshold="" for="" hospitalization="" changed="" in="" the="" different="" time="" periods.="" data="" from="" the="" datcov="" program="" suggest="" that="" the="" proportion="" of="" patients="" with="" severe="" covid-19="" does="" not="" vary="" substantially="" through="" the="" different="" wave="" phases.11="" finally,="" we="" only="" had="" information="" on="" vaccination="" status="" for="" hospitalized="" individuals="" with="" covid-19,="" which="" was="" also="" based="" on="">

Незважаючи на те, що варіант омікрон був виявлений лише нещодавно, протягом листопада 2021 року спостерігалося швидке зростання поширеності інфекцій SGTF у всіх провінціях Південної Африки з майже повною заміною варіанту дельта протягом 4 тижнів. Наші ранні аналізи вказують на значно знижений ризик госпіталізації серед осіб, інфікованих SGTF, порівняно з особами, не інфікованими SGTF, у яких діагностовано між 1 жовтня та 30 листопада 2021 року, а також знижений ризик важкого захворювання серед осіб, інфікованих SGTF, порівняно з дельта-варіантом інфікованих осіб. Імунітет (через попередню інфекцію, вакцинацію або те й інше) в осіб, інфікованих варіантом омікрон, може частково пояснити цю знижену тяжкість. Потенційне зниження внутрішньої вірулентності щодо варіанту омікрон також може сприяти зниженню тяжкості COVID-19. Майбутні дослідження, які пов’язуватимуть дані про статус вакцинації з реєстрів вакцин, можуть надати інформацію про ослаблення тяжкості захворювання в проривних випадках COVID-19 після вакцинації. Ці дані є ранніми, і результати можуть змінитися з додатковим часом спостереження для нещодавно діагностованих осіб, інфікованих SGTF.

переваги сальси цистанчедляімунітет

Список літератури

1 Viana R, Moyo S, Amoako DG та ін. Швидке поширення епідемії варіанту омікрон SARS-CoV-2 на півдні Африки. Природа 2022; опубліковано онлайн 7 січня.

2 Національний інститут інфекційних захворювань. Щотижневий епідеміологічний огляд COVID-19. Південна Африка. Тиждень 48 2021. 2021 рік.

3 ХТО. Класифікація omicron (B.1.1.529): Варіант SARS-CoV-2, що викликає занепокоєння. 26 листопада 2021 р.

4 Шиперс К., Евератт Дж., Амоако Д.Г. та ін. Постійна еволюція SARS-CoV-2 у Південній Африці: нова лінія зі швидким накопиченням мутацій, що викликають занепокоєння, і глобальним виявленням. medRxiv 2021; опубліковано онлайн 24 серпня.

5 Національний інститут інфекційних захворювань. Створення платформи спостереження для оцінки клінічного впливу варіантів SARS-CoV-2 (DATCOV-Gen) у Південній Африці. жовтень 2021 р.

6 Скотт Л., Сяо Н., Мойо С. та ін. Відстежуйте поширення Omicron за допомогою молекулярних даних. Наука 2021; 374: 1454–55.

7 Cohen C, Moyes J, Tempia S та ін. Важка респіраторна інфекція, пов’язана з грипом, у середовищі з високим рівнем поширеності ВІЛ, Південна Африка, 2009–2011 рр.

8 Jassat W, Cohen C, Tempia S та ін. Фактори ризику госпітальної смертності, пов’язаної з COVID-19-, у Південній Африці з високою поширеністю ВІЛ і туберкульозу: когортне дослідження. Ланцет ВІЛ 2021; 8: e554–67.

9 Public Health England. Дослідження нового варіанту SARS-CoV-2. Варіант занепокоєння 202012/01. Технічний брифінг 5. 2021.

10 Національний інститут інфекційних захворювань. Запропоноване визначення хвилі COVID-19 у Південній Африці. Листопад 2021.

11 Національний інститут інфекційних захворювань. Оновлення щотижневого лікарняного спостереження (DATCOV). Тиждень 48. 2021.

12 Madhi SA, Kwatra G, Myers JE та ін. Популяційний імунітет Південної Африки та важка форма Covid-19 з варіантом омікрон. medRxiv 2021; опубліковано онлайн 21 грудня.

13 Національне управління охорони здоров'я. Остання статистика щодо вакцин.

14 Південноафриканський консорціум моделювання COVID-19. Оновлення моделювання COVID-19: міркування щодо потенційної четвертої хвилі. 17 листопада 2021 р.

15 Pulliam JRC, van Schalkwyk C, Govender N та ін. Підвищений ризик повторного зараження SARS-CoV-2, пов’язаний із появою варіанту омікрон у Південній Африці. medRxiv 2021; опубліковано онлайн 2 грудня.

16 Kleynhans J, Tempia S, Wolter N, et al. Серопоширеність SARS-CoV-2 у когорті сільських і міських домогосподарств під час першої та другої хвилі інфекцій, Південна Африка, липень 2020-березень 2021 р. Emerg Infect Dis 2021; 27: 3020–29.

17 Abu-Raddad LJ, Chemaitelly H, Bertollini R. Тяжкість повторних інфекцій SARS-CoV-2 порівняно з первинними інфекціями. N Engl J Med 2021; 385: 2487–89.

18 Meng B, Ferreira IATM, Abdullahi A та ін. SARS-CoV-2 омікронний сплеск опосередкований імунною втечею, інфекційністю та злиттям клітин. bioRxiv 2021; опубліковано онлайн 22 грудня.

19 HKUMed. HKUMed виявив, що омікрон SARS-CoV-2 може інфікувати бронхи людини швидше та краще, ніж дельта, але з менш серйозною інфекцією в легенях. 15 грудня 2021 р.

20 Національний інститут інфекційних захворювань. Мережа нагляду за геномікою в Південній Африці. Оновлення геномного нагляду за SARS-CoV-2. 17 грудня 2021 р.